Repentinamente ocurre un temblor, se escucha un rugido y se va la luz en varias partes de la ciudad. En la televisión informan de una explosión en los muelles al sur de Manhattan, cerca de donde se encuentran; así que suben a la azotea del edificio desde donde ven una gran explosión, y fragmentos que llegan a alcanzar edificios cercanos. Salen despavoridos a la calle y ahí ven como la cabeza de la Estatua de la Libertad cae en mitad de la calle. Ven como un edificio cae derribado a lo lejos y una nube de polvo y escombros se acerca al grupo de gente. Tras refugiarse en una tienda de comestibles, confirman por televisión que se trata de una gigantesca criatura que ha surgido del mar y se interna por las calles de Nueva York. Deciden dejar Manhattan por el puente de Brooklyn pero Rob se detiene cuando recibe una llamada de Beth, la cual está atrapada en su apartamento. El puente cae después de un ataque de la criatura, muriendo Jason.
Rob decide volver para rescatar a Beth y sus amigos lo siguen. Los militares atacan al monstruo con fuego de lanzamisiles y carros de combate, pero son frenados por unas pequeñas criaturas que caen del propio monstruo. Rob y los otros, atrapados entre el fuego y la confusión, se ven obligados a refugiarse en el metro, recorriendo a pie un túnel. Una de los componentes del grupo, Marlena, es mordida por una de las criaturas durante un ataque y muere poco después en un hospital de campaña del Ejército al explotarle de forma repentina el vientre.
A pesar de enterarse de que se está evacuando la ciudad y que de no ser posible contener a la criatura se pondrá en marcha la operación Hammerdown (Martillazo), consistente en un bombardeo masivo de todo Manhatan, Rob y su grupo continúan hacia el apartamento de Beth. Encuentran a Beth herida pero consiguen trasladarla hasta el lugar de evacuación, donde Lily sube a un helicóptero. Rob, Beth y Hudson abordan otro helicóptero y desde el aire ven como un B-2 "Spirit" lanza bombas termobáricas contra la criatura. La criatura sobrevive al ataque y eleva una pata, golpeando el helicóptero donde estaba el grupo de supervivientes, mandándolo fuera de control y terminando por caer en Central Park. No queda claro si el accidente es en realidad efecto de la onda de choque de las explosiones o culpa de la criatura. Allí son descubiertos por la criatura, que eleva a Hudson con su boca, dejándolo caer a continuación, por lo que muere.
Rob y Beth recuperan la cámara, toman un descanso bajo un puente y graban un mensaje con la esperanza de que alguien encuentre la película. Se ve polvo, se oyen sirenas lejanas y una explosión hacen colapsar el puente, cubriendo la lente de la cámara con polvo. Rob y Beth proclaman su amor mientra una segunda explosión cubre la cámara con escombros. La escena final retorna a las imágenes en un parque de atracciones en Coney Island, imágenes de un viaje anterior, que fueron inadvertidamente sobregrabadas durante los sucesos de la película. En el fondo se ve un objeto cayendo del cielo hacia el agua(es el satelite de slusho!,segun una entrevista dada por J.J Abraham).
Durante los créditos se escucha una transmisión de radio, que dice 'Help Us', que en español significa 'Ayúdennos'.
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